데이터과학/데이터 분석 실습37 무한도전 - 심장박동으로 식스맨의 기분을 측정하다. 무한도전이 10주년을 맞이하여 새로운 멤버인 식스맨(여섯번째 멤버)를 뽑는 오디션을 진행하고 있다. 지난주 (2015년 3월 28일) 방송에서는 오디션 과정에서 식스맨 후보들이 "애정어린 쓴소리에 어떻게 반응하는가?" 또는 민감한 질문들을 거짓없이 대답하는지? 판단하기 위한 목적으로 심박수(Heart Rate, HR)를 측정하고 그 수치를 방송 화면에 함께 보여줬다. 사실 방송에서는 고급 분석을 사용해서 심박수를 분석하지는 않았지만, 심박수가 높아지고 있음으로 악플을 읽고 있는 식스맨 후보의 짜증과 불쾌감을 간접적으로 표현했다는 데 큰 의미가 있는 것 같다. 심장박동은 우리가 스스로 조절할 수 있는 것이 아니고 우리몸의 자율신경계의 길항 작용으로 조절되는 생체반응이다. 따라서 스스로 조절이 불가능한 흥분.. 2015. 3. 29. Contrasts in Neuroimaging Data Anlaysis SPM 등의 뇌영상 데이터 분석 툴을 이용한 뇌영상 데이터의 분석은 기본적으로 각 복셀의 영상에 할당된 데이터 값을 일반 선형 모델 (General Linear Model, GLM)을 이용하여 모델링하고, 실제 데이터와 모델이 얼마나 잘 맞는지 통계적으로 테스트 하는 것이다. 특정 복셀 $i$에 대해서 $Y_{i} = XB_i + E_i$로 모델링 했을때 $X$는 디자인 행렬이되고, 벡터 $B_i$는 분석을 통해서 추정되는 파라미터이며, $E_i$는 에러를 의미한다. 이때 contrast는 $c'B$를 통해서 계산된다. 뇌영상 데이터에서 $c$는 보통 행벡터(column vector)를 의미하고, $c$를 통해서 다양한 contrasts로 결과를 확인할 수 있다. 벡터 $c$는 contrasts의 가중치.. 2015. 3. 15. intuitive resting state functional connectivity (iRSFC) toolbox About iRSFC iRSFC는 intuitive resting-state functional connectivity의 약자 입니다.가장 간단한 방법으로 휴자상태 뇌기능 연결성을 분석 할 수 있는 Matlab 기반의 툴박스 입니다.기능 뇌네트워크를 분석할 수 있는 프로그램들을 이미 많이 있습니다. 하지만, 너무 많은 기능이 들어 있어서 사용하기가 쉽지 않고 기존에 Event-related fMRI (ER-fMRI) 연구를 하시던 분들이 사용하시게에 생소한 부분들이 많이 있습니다. iRSFC는 ER-fMRI 연구를 하셨던 분들이 쉽게 사용할 수 있도록 디자인한 프로그램입니다. iRSFC toolbox를 구동하기 위해서는 SPM 툴박스를 미리 다운로드 받고 Matlab에서 Set Path를 설정해야 합니다.. 2015. 3. 3. Topological Data Analysis with R, (토폴로지 데이터 분석) 국가수리과학연구소에서 병역특례로 근무하는 동안 (2011-2014) 다양한 수학자들을 만나 수 있었습니다. 그 중에서 위상수학(Topology)를 공부하신 박사님과 한 팀에서 일을 할 수 있게 되었는데, 이때 처음으로 토폴로지 데이터 분석 (Topological Data Analysis, TDA)라는 방법을 알게 되었습니다. 토폴로지 데이터 분석의 핵심은 고차원 위상공간의 매니폴드에서 얻은 포인트 클라우드 데이터를 간단하게 추상화 하여 그래프의 형태로 표현하는 것입니다. Filtration에 의해서 샘플된 데이터는 Simplicies를 구성하기 위해 사용되고, 이거한 simplicies들을 선으로 연결하여 매니폴드를 추상화 합니다. 또한, 대수적 토폴로지(Algebraic Topology)를 이용하면 여.. 2015. 2. 27. Slice Timing Correction 하나의 3차원 뇌영상 데이터는 여러개의 단면영상(Slice Image)으로 구성되어 있다. 기능자기공명영상(functional magnetic resonance imaging, fMRI)의 경우에는 보통 매2초마다 하나의 3차원 볼륨 영상을 획득하게 된다. 다시 말해서 2초동안 여러개의 단면영상을 획득하게 되는데, 그중에서 제일 처음에 획득한 단면영상과 맨 마지막에 획득한 단면영상 간에는 최고 2초 정도의 시간 차이가 발생하게 된다. 이러한 시간 차이를 보정해 주는 것이 Slice timing correction이라 물리는 전처리 과정이다. SPM의 경우에 slice timing correction 을 적용하게 되면 'a'를 어두로 하는 새로운 뇌영상 파일이 생성된다. 단면영상의 순서(slice orde.. 2015. 2. 12. smoothness estimation in SPM and AFNI Smoothness estimation은 MonteCarlo simulation을 위해서 반드시 필요한 과정입니다. SPM으로 영상 데이터를 분석했다면, SPM.mat 파일의 Field 값을 확인함으로써 smoothness를 확인할 수 있습니다. >>load SPM; % SPM 결과 파일이 저장된 폴더에서 실행 >>M = SPM.xVol.M; % 변환행렬 정보를 가져옴 >>VOX = abs(diag(M)); % 대각행렬 정보가 볼셀 사이즈 >>FWHM = SPM.xVol.FWHM; % FWHM in voxel unit >>FWHMmm = FWHM.*VOX(1:3)'; % FWHM in mm unit >>disp(FWHMmm); SPM에서 Gaussian random field theory를 기반으로 sm.. 2015. 1. 23. 이전 1 2 3 4 5 6 7 다음
