Smoothness estimation은 MonteCarlo simulation을 위해서 반드시 필요한 과정입니다.

SPM으로 영상 데이터를 분석했다면, SPM.mat 파일의 Field 값을 확인함으로써 smoothness를 확인할 수 있습니다.

>>load SPM; % SPM 결과 파일이 저장된 폴더에서 실행 >>M = SPM.xVol.M; % 변환행렬 정보를 가져옴 >>VOX = abs(diag(M)); % 대각행렬 정보가 볼셀 사이즈 >>FWHM = SPM.xVol.FWHM; % FWHM in voxel unit >>FWHMmm = FWHM.*VOX(1:3)'; % FWHM in mm unit >>disp(FWHMmm); 

SPM에서 Gaussian random field theory를 기반으로 smoothness를 estimation하고, 이것은 spm_est_smoothness을 통해서 계산됩니다. 

위의 과정을 통해서 확인한 FWHMmm 정보는 AFNI의 3dFWHMx의 명령어를 통해서 estimation한 smoothness와 완전히 동일하지는 않지만, 비슷한 수준의 값이 나와야 합니다. AFNI가 설치되어 있다면 다음과 같이 실행해 보세요. 

~>3dFWHMx -mask mask.hdr -input ResMS.hdr % SPM 결과 파일이 저장된 폴더에서 실행

여기서 얻은 smoothness를 기반으로 MonteCarlo simulation을 시행하면, 이것이 AlphaSim-corrected p-value가 됩니다.

관련 글은 다음의 링크에서도 확인이 가능합니다.
https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=spm;bb3ad6d.1308

About iRSFC

  • iRSFC는 intuitive resting-state functional connectivity의 약자 입니다.

  • 가장 간단한 방법으로 휴자상태 뇌기능 연결성을 분석 할 수 있는 Matlab 기반의 툴박스 입니다.

  • 기능 뇌네트워크를 분석할 수 있는 프로그램들을 이미 많이 있습니다. 하지만, 너무 많은 기능이 들어 있어서 사용하기가 쉽지 않고 기존에 Event-related fMRI (ER-fMRI) 연구를 하시던 분들이 사용하시게에 생소한 부분들이 많이 있습니다. iRSFC는 ER-fMRI 연구를 하셨던 분들이 쉽게 사용할 수 있도록 디자인한 프로그램입니다.

  • 메뉴얼은 한국어 버전만 제공할 예정입니다. 한국의 연구자들이 ‘분석 방법’ 자체를 공부하는데 많은 시간을 투자하기 보다는 좋은 연구 아이디어를 생각하는데 더 많은 투자해서 세계의 연구자들 경쟁할 수 있는 좋은 연구를 많이 하기를 희망하기 때문입니다. 하지만, 누군가 제가 작성한 한글 설명서를 영어로 번역해서 배포 하고자 하신다면 저의 허락 없이도 얼마든지 가능합니다.
  • iRSFC toolbox를 구동하기 위해서는 SPM8 툴박스를 미리 다운로드 받고 Matlab에서 Set Path를 설정해야 합니다.

Functionality

  • Seed ROI based functional connectivity analysis: seed로 설정한 뇌영역과 다른 모든 뇌영역간의 functional connectivity를 계산해서 zmap으로 저장하는 기능을 수항햅니다. 이후 분석은 SPM의 [Specify 2nd-level] 메뉴를 통해서 진행하면 됩니다.

  • Network analysis among ROIs: 연구자가 설정한 ROI 영역들간의 기능 연결성을 모두 계산해서 결과를 Comma Separated Values 의 형태로 저장하는 기능을 수행합니다. 이후에 분석은 SPSS 등으로 수행 가능합니다.

Download

  • 아래의 링크에서 간단한 설문에 응답해 주시면 다운로드 링크를 보실 수 있습니다.

  • 어떤 연구자들이 주로 프로그램을 사용하는지 알기 위한 설문이지, 최대한 성의것 응답해 주시면 추후에 프로그램을 업데이트 하는데 큰 도움이 될것 같습니다.

  • 다운로드 링크: http://goo.gl/forms/Wp0uwA8EyX

Hands-on Exercise

  • 아래의 링크에 있는 메뉴얼을 다운로드 받아서 따라해 보세요^^

  • 다운로드 링크: http://goo.gl/7dZ45A




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intuitive resting state functional connectivity (iRSFC) toolbox  (1) 2015/01/11
첫 전시회를 준비하는 은하에게,

우선 경군은 언제나 임양을 응원하고 늘 사랑하고 있음을 말하고 싶구려.

처음으로 준비하는 2인전 또한 축복하오^__^

작가에게 있어서 첮 전시회가 얼마나 긴장되고 중요한지에 대한 그대의 느낌을 정확하게 헤 아리고 있다고 말할수는 없지만, 그대의 야윈 몸과 마음을 통해서 조금은 느낄 수는 있답니 다.

이번 전시회가 임양이 작가로 성장할 수 있는지? 에 대한 물음에 대답을 위한 것은 아니지 만, 경군은 임양이 작가로서 꾸준히 활동할 수 있기를 (한편으로는) 바래요~ 물론 작가가 아 닌 다른 어떤 일을 하더라도 그대의 든든한 지지자가 되어줄 테니까... 뭐든 그대의 매력을 발산할 수 있는 일을 해봐요~~

이제 임양도 한학기만 더 지나면, 졸업이예요~~ 학생때만 할 수 있는 것들을 뭐든 찾아서 해봐요^__^; 경군이 함께 할 수 있는거면, 언제든지 함께할께요~~

다시한번 임양의 전시회 오픈을 축하해~

2011년 3월 1일
임양의 든든한 후원자가 되고픈 경군.



TistoryM에서 작성됨
2014.10.25 - [Daily Life] - 결혼식을 온전한 둘만의 계획으로 치르기 위해 양가 부모님께 드렸던 편지 글